サブタイトル『秘密結社の探偵(ホームズ)』

バーチャルライブで賑わう秋葉原の街
その最中、コナンは不審な動きを見せる人物を目撃し後を追うが、何者かに背後から襲われ気を失ってしまう
目が覚めるとそこには『秘密結社 holoX』を名乗る5人の姿が…！
コナンは何故か自分の事情を知っている5人と行動することに

その夜、殺人事件と爆破事件が同時発生
さらに、犯人の魔の手はコナンの仲間へ…
犯人の追跡と仲間の救出に向かうコナンだったが
holoXが驚愕の作戦を実行することを知ってしまう…！

秋葉原を舞台に、秘密結社と探偵の極秘任務(シークレットミッション)バトルミステリーが繰り広げられる…！