[あらすじ]
江戸川コナンら少年探偵団が阿笠博士が新たに開発した高性能ドローンの飛行テストに付き合っていた頃、テレビでは5月1日に東京サミットが開催される東京湾の統合型リゾート施設「エッジ・オブ・オーシャン」の特集や、同じ日に任務を終えて火星から帰還する大型無人探査機「はくちょう」の話題が放送されていた。コナンがテレビを見始めた瞬間、エッジ・オブ・オーシャンにある国際会議場で大規模な爆発があり、現場を警備していた警察官が数名死傷したという臨時ニュースが流れる。灰原はテレビで流れた現場の監視カメラの映像に、一瞬だけ安室透の姿があったとコナンに指摘する。
現場の状況から当初は事故と思われたが、警視庁公安部の風見裕也によって遺留品から採取された指紋が毛利小五郎のものと一致したことが報告され、小五郎は逮捕されてしまう。公安の強引な捜査に憤りを募らせるコナンは、安室に小五郎逮捕の証拠は公安による捏造ではないかと問い詰めるもはぐらかされる。その頃、妃英理のもとに弁護士の橘境子が現れ、小五郎の弁護を申し出る。
東京サミット当日、コナン達は公判前整理手続のために裁判所に向かい、警視庁で安室や風見と再会。安室が去った後、コナンは取り調べた男を自殺に追い込んだ過去が安室にあることを風見から聞かされる。
警視庁の捜査会議では、IPアドレスを隠して複数のコンピュータを経由して標的に不正アクセスを行うソフト「Nor（ノーア）」が、現場のガス栓の遠隔操作に使用されていたことが判明した。その直後、都内各所で電気製品が次々暴発・発火し、人々は大パニックに陥る。コナンはこの事件をIoTテロと考え、国際会議場の爆破も同じ手口で行われたと推理する。
その後、コナンは1年前の「NAZU不正アクセス事件」で安室に追い詰められ自殺を図った羽場二三一の存在を知る。犯人の真の目的が大型無人探査機「はくちょう」のカプセルを警視庁に落とすことだと知ったコナンと安室は、東京地検へと向かい犯人と対峙する。
一連のテロ事件の犯人は、国際会議場爆破事件を担当した公安部の日下部誠検事だった。公安に協力する民間人「協力者」だった羽場を自殺に追い込んだ公安警察への復讐を誓う日下部だが、死んだはずの羽場が警視庁の屋上に立っている映像を見せられ「はくちょう」のコードを自白。コナンは少年探偵団に博士のドローンを操作させ、警視庁へのカプセル衝突を食い止める。
だが危機は終わっておらず、カプセルの新たな落下予測地点が蘭達の避難先であるエッジ・オブ・オーシャンである事が判明する。コナンは安室に協力を要請し、キック力増強シューズで放ったボールをカプセルにぶつけて衝突を阻止。コナンと「協力者」安室透の手によって、一連のテロ事件はようやく終息した。

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